У Вас настройки такие:
1.В карточке товара цена с НДС
2. В карточках товара стоит "размер НДС товара " -20 %
3. Юр лицо ФОП указано НДС - 0%
4. Юр лицо ТОВ указано НДС -20 %
5. Стоит галочка на пункте "Расчет суммы с НДС от округленного значения цены без НДС"
Вы выставляете счета выбирая юр лицо .
Если все верно и проблема остается , то могу предложить дать мне доступы в Бокс на электронную почту
olmoniccrm@gmail.com , я просмотрю примеры расчетов в вашем Боксе.