Так, я вроде понял что у вас произошло.
Вот выдача по названию данного товара
то есть это товар с sku_id=8527 - который вы считаете дублем
https://box.lanita-shtor.com.ua/admin/shop/products/10499/edit/а вот выдача его составляющий SKU
собственно всё сработало верно (см. скриншот во вложении) - соответствие id=8527 взяло как цену товара, а 1417 - как уровень цен "Оптовая цена (от одного рулона)"
а этот товар
https://box.lanita-shtor.com.ua/admin/shop/products/6688/edit/ - ну видимо он ранее был у вас 1, без уровня цен - а потом якобы не к нему добавился уровень цен (в таком случае дубль не создало бы), а создали новый товар и этот якобы стал уровнем цен (у нас и добавился уровень цен, старые товары не удаляются)
собственно что вам нужно - разобраться что у вас действительно дубль, который уже прописан в другом товаре как уровень цен - и удалить такой дубль.