чтобы не было дублей нужно правильно экспортировать и импортировать файл.
Для этого экспортируйте в файл только ID-товара, название (для наглядности) и сам штрих-код.
Замените в файле штрих-коды товарам и заново импортируйте файл, но важно при этом указать будет и ID-товара и штрих-код для колонок импорта. Система по ID-товара найдет в системе данный товар (так-как он приоритетнее штрих-кода) и перезапишет ему штрих-код.
Да, в системе возможно уже будет товар с таким же штрих-кодом, который сгенерирует файл, поэтому перед импортом установите галочку
http://i.imgur.com/y3PQiYe.png По результатам импорта вы получите письмо, в котором будет указано, что мол так и так, обновлено 1000 из 1000 или там 900 из 1000, тогда нужно посмотреть в этом же письме (в приложении к письму csv-файл) по каким товарам не прошло обновление - это и будут те самые товары, у которых уже имеется такой штрих-код.