Добрый день, Денис.
Скорее всего у вас направление бизнес-процесса стоит "Входящий". Направление можно посмотреть в самом бизнес-процессе вот тут
http://prntscr.com/utgjp3 http://prntscr.com/utgk22Если это заказ поставщику то направление должно быть "Исходящий".
Соответственно действие "Обновить наши обязательства перед клиентом" обновляет ваши обязательства по платежам.
А действие "Установить/обновить обязательства клиента (перед вашей компанией)" обновляет обязательства клиента( в нашем случае это поставщик) относительно оприходований.
Если у вас обычный заказ поставщику Заказали-Оплатили-Оприходовали-Закрыли тогда можно в действиях обновления обязательств поставить по 100% и всё (без галочек) тогда также будет правильно считать.