Смотри, рядом с этой галочкой есть знак вопроса - наведи на него и появится описание как работает данная галочка.
Если в кратце, то:
в заказе 2 позиции товара ХХХ, и 3 позиции YYY
после отправки запроса обновился 1 товар ХХХ
если стоит данная галочка, то в процессе будет найдена еще 1 позиция ХХХ и удалена, т.к. позиция ХХХ уже обновлялась в этом запросе. А товары YYY не удалятся т.к. они не обновлялись в этом запросе
И вот у тебе получается та же ситуация - не удалились те товары которые и не пришли на обновление после такого запроса
Кстати можешь освежить свою память и посмотреть задачу по которой данная настройка добавлялась
https://box.webproduction.ua/admin/customorder/issue/2015002152/edit/